Das Bornheimer Stadtgebiet wird im Osten vom Rhein begrenzt. Die Grenze zum rechtsrheinischen Niederkassel verläuft etwa in der Strommitte, so dass die unter Naturschutz stehende Insel "Herseler Werth" vollständig auf Bornheimer Stadtgebiet liegt. Weitere Informationen zur Insel gibt es auf den Uedorfer Internetseiten und beim Landesamt für Natur-, Umwelt- und Verbraucherschutz (LANUV) NRW.
Das Bornheimer Rheinufer hat eine Länge von 4,5 km und reicht von Strom-km 659,97 an der Grenze zu Bonn bis zu Strom-km 664,47 an der Grenze zu Wesseling-Urfeld. Es hat eine große Bedeutung für die Naherholung: im Herseler Hafen liegen zahlreiche Boote, der Leinpfad ist beliebt bei Spaziergängern mit und ohne Hund, Joggern, Skatern und Radfahrern. Als Teil des europäischen Fernradwegs "Rhein" (EuroVelo 15) hat er darüber hinaus überregionale Bedeutung.
Zum Schutz von Natur und Landschaft gelten am Rhein eine Reihe von Regelungen, vor allem